1.3 - La protection des écosystèmes
Dans beaucoup de cas, la mise en place des politiques de protection des espèces se heurte au manque de connaissance du statut des groupes concernés. L'identification des types de milieux naturels qui sont eux mêmes en voie de disparition permet de compenser en partie ces lacunes. En effet, les espèces qui sont en voie de régression sont souvent inféodées à des milieux qui sont eux mêmes peu communs ou menacés. Il est plus facile de répertorier les milieux rares que de recenser toutes les espèces qu'ils hébergent.
La stratégie de protection des biotopes permet d'autre part d'intégrer l'ensemble du fonctionnement des écosystèmes concernés. Les milieux actuellement en voie de raréfaction en France sont presque toujours des milieux semi-naturels c'est-àdire qu'ils ont été progressivement façonnés par l'homme au fur et à mesure que les paysages agricoles se mettaient en place.
Depuis le Néolithique, les communautés végétales et animales se sont ainsi adaptées à ces agroécosystèmes en créant des réseaux complexes d'interactions. Il est donc souvent difficile d'assurer la protection d'une espèce lorsque l'écosystème auquel elle appartient est lui même dégradé. Parmi les types de milieux qui disparaissent très vite, il y en a beaucoup qui souffrent simplement d'un manque d'entretien du fait de l'abandon de l'agriculture traditionnelle (landes, pelouses calcaires, pâturages d'altitude...). D'autres sont victimes de l'intensification de l'exploitation agricole ou forestière (prairies humides, marécages, bOIsements rivulaires, bocages...) ou de la pression touristique (dunes, milieux littoraux, zones de montagne, escarpements rocheux, grottes...).
La sauvegarde de beaucoup de ces milieux ne peut se faire que par la mise en oeuvre de modes de gestion spécifiques. En effet, s'il semble possible de faire évoluer l'agriculture ou la sylviculture vers des modes d'exploitation moins agressifs vis-à-vis de l'environnement, il est illusoire de prétendre restaurer les pratiques traditionnelles. La conservation d'un certain nombre de milieux qui constituent des vestiges des anciens paysages incombe donc aux espaces protégés.